Introducción

                                     INTRODUCCIÓN
1985. Francia. Un genio científico llamado Waldo Schaeffer y su mujer, Anthea, trabajan en un proyecto internacional de alto secreto conocido como Cartago. Cuando Waldo descubre el verdadero objetivo de Cartado no es el de proteger a los países del mundo, sino crear una nueva arma mortal, decide abandonar el proyecto. Esa decisión tendrá consecuencias irreversibles.
Unos misteriosos individuos secuestran a Anthea Schaeffer. Waldo, en cambio, logra ponerse a salvo junto con su hija de tres años, Aelita. Tras una larga huida, encuentra trabajo como profesor de ciencias en la academia Kadic, en Francia, y bajo el nombre falso de Franz Hopper continúa a escondidas con sus experimentos.
Allí, en los subterráneos de una vieja fábrica, no muy lejos del colegio, construye un superordenador e inventa un mundo virtual llamado Lyoko, ideado para servir de antídoto contra Cartago. Pero en tan sólo unos pocos años la organización para la que trabajaba consigue localizarlo.

En 1994, cuando Aelita tiene doce años, Waldo Schaeffer se refugia en el mundo virtual de Lyoko junto con su hija, que está gravemente herida, y apaga el superordenador que lo alimenta.

Muchos años después, Jeremy Belpois estudia en la academia Kadic. Tiene trece años, pocos amigos y un talento innato para la informática. Después de descubrir la existencia de la vieja fábrica, conectada con la escuela mediante unos túneles subterráneos, Jeremy encuentra el superordenador abandonado, y consigue volver a ponerlo en marcha.
De esta forma descubre a Aelita, que durante todos esos años ha permanecido prisionera en Lyoko, sin envejecer ni un solo día más. Junto con sus amigos Ulrich, Odd, y Yumi, Jeremy logra rematerializar a Aelita en el mundo real. A partir de ese momento, los cinco muchachos se enzarzan en una encarnizada lucha contra X.A.N.A., una despiadada inteligencia artificial que se a apoderado de Lyoko.
Con mucho esfuerzo, y después de una larga serie de increíbles aventuras virtuales, finalmente derrotan a X.A.N.A. gracias al sacrificio de Franz Hopper, que había sobrevivido durante todos esos años dentro de Lyoko en forma de esfera de energía.
Ya no hay ningún peligro. O, al menos, eso es lo que parece.

Unos cuantos meses después de la derrota de X.A.N.A. y la muerte de Hopper, Aelita pierde la memoria de improviso. A causa de ello, sus amigos deciden reunirse nada más terminar las vacaciones de Navidad en el chalé en el que antaño vivía para ayudarla a recuperar sus recuerdos perdidos.
Los cinco muchachos empiezan a investigar acerca de los secretos de La Ermita, y llegan a descubrir una habitación oculta. En su interior hallan un mensaje grabado por el profesor que cuenta parte de su historia, aunque todavía deja sin desentrañar muchos e intrincados misterios.
En su mensaje Hopper le confía a Aelita la tarea de encontrar a su madre, y le pide que custodie un colgante de oro que forma parte de una pareja, un regalo de Anthea y él se habían intercambiado como prenda de amor.
Mientras tanto X.A.N.A., al que los muchachos creen definitivamente derrotado, recupera poco a poco sus energías, volviendo a la vida y poseyendo a una chiquilla americana llamada Eva Skinner.
Poco después, Eva se presenta en la Ciudad de la Torre de Hierro, haciéndose pasar por una simple estudiante recién llegada a la academia Kadic.

Pero Eva no es la única forastera que acaba de llegar a la ciudad. Oculto entre las sombras de una noche de invierno, se instala en un siniestro chalé Grigory Nictapolus, un solitario y silencioso individuo que trabaja para una organización criminal conocida como Green Phoenix, liderada por un terrorista llamado Hannibal Mago. En compañía de sus dos fieles rottweilers, Grigory comienza a espiar a Aelita y sus amigos, y ataca al padre de Odd y al matrimonio Ishiyama empleando un extraño aparato.

Poco tiempo después, los muchachos se topan en La Ermita con Richard, un viejo amigo de Aelita que ha vuelto a la ciudad tras darse cuenta de que unos incomprensibles códigos han empezado a inundar su PDA. Siguiendo una serie de pistas que había dejado el profesor Hopper, descubren en Bruselas una réplica de Lyoko, es decir, una copia del mundo virtual, ¡y dentro de la réplica hay un fantasma clónico del profesor! Además, Aelita logra abrir una nueva habitación secreta, oculta tras una falsa pared de la primera, y descubre dentro de ella otra réplica que contiene el diario de su padre, tras lo cual avisa de inmediato a Jeremy, que la ayuda a explorar los recuerdos del profesor Hopper, aunque el agotamiento les hace abandonar antes de haber completado el diario.

Entre tanto, X.A.N.A. se ha apoderado también de la mente de Odd, y los usa Eva y a él como títeres para llevar a cabo un misterioso plan.
Jeremy, que no sospechaba nada, acompaña a Eva a visitar la antigua fábrica donde se encuentra el superordenador de Lyoko, que lleva apagado desde su batalla final con X.A.N.A. Y de ese modo le revela también a Grigory, que no ha dejado de espiarlos ni un segundo, dónde se encuentra el valioso equipo que permite entrar en el mundo virtual.